根据调查与起诉分离原则，检察官的直接调查权将移交至新设的重大犯罪调查厅（中数厅），而公诉厅检察官将专注于公诉提起与维持。这一举措旨在从结构上防止调查权滥用。由行政安全部部长指挥监督的中数厅将负责腐败、经济、公职人员、选举、防卫项目、重大灾难、毒品、内乱与外患等国家保护及网络犯罪等九大重大犯罪。检察改革推进团宣布，公诉厅与中数厅预计于2024年10月成立，相关法案于6月12日至26日公开征求意见。
公诉厅法案删除了检察官的犯罪调查与调查启动职责，明确其职能为公诉提起与维持。内部与外部管控加强，每个高级公诉厅设立案件审议委员会，资格审查委员会外部推荐委员比例提高，确保客观公正。检察官政治参与行为新增刑事处罚规定，包括加入或支持政党、政治团体者可处五年以下有期徒刑及资格停止。业绩考核标准合理反映申诉、再申诉、再审申请采纳率及无罪判决率。
中数厅法案着重于通过调查与起诉功能分离，防止国家重大犯罪调查能力出现空白。除九大重大犯罪外，中数厅还可调查公诉厅或其他调查机关公务员犯罪及依法律移送的案件。中数厅实行调查司法官与专业调查官双轨人员体系，支持灵活晋升与职业发展，专业调查官可晋升为调查司法官或高级职位，增强人事管理灵活性。规定中数厅可与其他调查机关互相移送案件，减少混乱。
随着中数厅与公诉厅的成立，调查与起诉分离原则将在制度上落地。行政安全部部长的指挥监督权以保护国民基本权利、确保调查权合法行使为核心，对具体案件的干预有限。国务调整室长尹昌烈表示，将推动立法进程、细致落实后续措施，并向国会提交相关法律修订案。九大重大犯罪调查体系、人员结构灵活性及外部管控强化，有望提升国家调查能力与公正性。