Cục Phát triển Nông thôn (Giám đốc Lee Seung-don) đã đưa ra các hướng dẫn về quản lý sau thu hoạch đối với cây thuốc nhằm đảm bảo chất lượng và an toàn của các sản phẩm này, cũng như duy trì các thành phần dược lý một cách ổn định. Các thành phần dược lý của cây thuốc bắt đầu thay đổi ngay sau khi thu hoạch, vì vậy nên rửa, sấy khô và chọn lọc nhanh chóng.
Để làm sạch, nên sử dụng nước sạch và trong để loại bỏ tạp chất, nhưng thời gian rửa không nên quá dài để tránh các thành phần hòa tan bị hòa tan trong nước. Sau khi làm sạch, cần sấy khô kỹ để tránh sự phát triển của vi sinh vật trong môi trường ẩm ướt. Quá trình sấy khô là một bước quan trọng quyết định chất lượng của các sản phẩm thuốc. Cần đảm bảo luồng không khí thích hợp và tránh tiếp xúc trực tiếp với ánh nắng để ngăn ngừa sự suy giảm.
Trong quá trình lưu trữ, cần sử dụng các vật liệu đóng gói sạch và an toàn, và thêm chất hút ẩm như gel silica để ngăn ngừa độ ẩm và sự suy giảm. Các cây thuốc có hàm lượng độ ẩm cao như gừng tươi, chà là và goji cần được chú ý đặc biệt vì chúng có thể tự tạo nhiệt nếu nhiệt độ tăng. Việc thông gió thường xuyên các kho lưu trữ là quan trọng để ngăn chặn hoạt động của vi sinh vật gây thối rữa.
Việc lưu trữ lạnh nên được kéo dài càng lâu càng tốt và giữ nhiệt độ càng thấp càng tốt. Các loại thảo mộc dạng bột hoặc cắt nhỏ có diện tích tiếp xúc với không khí lớn hơn, vì vậy không nên lưu trữ lâu dài. Theo Ma Kyung-ho, trưởng bộ phận Cây trồng Đặc biệt của Viện Khoa học Làm vườn và Đặc biệt Quốc gia, quản lý chất lượng hệ thống từ việc chọn giống đến lưu trữ là rất quan trọng để công nghiệp hóa ổn định các cây thuốc.